En el Poster Day tuve la oportunidad de visitar los afiches de: J.M. Rivero la cual presentó su proyecto en “Chemical Analysis and Biological Evaluation of Tropical Plants: Goetza elegans and Pimenta racemosa”. Este proyecto me pareció muy interesante ya que ella empleaba técnicas de purificación como columnas cromatograficas. Tuve la oportunidad de intercambiar ideas con ella ya que a pesar de que trabajamos en cosas distintas tenemos la cromatografía en común. E. Morales presentó “Ecophysiological Evaluation of Invasive Capacity of exotic plants vs. native species in PR and implications for its management.” Me pareció muy interesante su proyecto y de suma relevancia ya que como última meta, él me explicó que quería caracterizar de forma metódica todas las plantas de la universidad y medir la eficiencia de ellas en fotosíntesis. Isabelita Martínez presentó su trabajo de “Isolation of Important Clinic Yeasts on Water treatment plants and PR forests.” Esta afiche me gusto mucho porque Miss Martínez lo presentó de manera muy enérgica y se notaba que estaba preparada en su área, contestando todas nuestras preguntas. En general, quiero agradecer a todo el staff de BioMinds y sus estudiantes por hacer tan buen trabajo. ¡Éxito a todos!

Yo le otorgaría un 4 a mi proyecto porque hemos hecho mucho avance. Logre terminar de correr los espectros de IR de la muestra de hCen2 WT. Luego, pude hace un análisis de correlación bidimensional (2D-COS analysis). También, tuve la oportunidad de presentar mi proyecto y resultados en el 2D-COS Symposium llevado a cabo el 20-22 de febrero en Rincón of the Seas en Rincón.

He aquí el abstract del trabajo que presenté en el simposio:

FT-IR Spectra and 2D-COS analysis for the thermal perturbation of hCen2 WT

Centrins are calcium binding proteins that are essential for proper chromosome segregation during mitosis in eukaryotic cells. There are 3 human isoforms of Centrin known to date; in this work we will present results for human Centrin2. hCen2 has been associated with having both, structure and regulatory roles within the centrosome. A comparative study of human centrin isoforms: Centrin1 (hCen1), Centrin2 (hCen2), Centrin1 E105K (hCen1 E105K) and Centrin2 E105K (hCen2 E105K) was performed during thermal perturbation by Fourier transform infrared (FT-IR) spectroscopy and analyzed by the method of two-dimensional correlation analysis. 2D-COS spectroscopy allowed us to analyze IR spectra and differentiate overlapping peaks by spreading them over a second dimension. This novel approach is useful to study conformational changes in proteins and specific side-chain interactions. The synchronous and asynchronous contour maps obtained from the centrin samples showed that hCen2 is the most stable when compared to the other Centrins.

Este semestre -por fin mi ultimo- tengo varias metas para mi futuro academico:
Primero, estoy aprendiendo a analizar espectros de infrarojo que hice el semestre pasado. Tengo los datos que recolecte al final del semestre pasado de hcen2 wild type. La parte mas dificil del experimento es analizar la data y poder contar una “historia” sobre los cambios conformacionales que tiene la proteina bajo diferentes rangos de temperatura.
Segundo, es de mi interes el asisitir a escuela graduada despues de mi graduacion.  Espero que este semestre me acepten en alguna de las escuelas a las que solicite. Eso seria un logro bien grande para mi y para todos los profesores, mentores y programas como este y MARC que me han ayudado durante toda mi carrera de subgraduada.

hsfi1 es una proteína de bajo peso molecular que interacciona con centrin y es interés de nuestro lab estudiar esta interacción.  En este semestre estuve trabajando en conjunto con otros 2 compañeros en mejorar el protocolo de purificación del dominio 10 de la proteína hsfi1 para obtener mejor yield.  Esta tarea ha sido bastante ardua ya que este dominio es poco soluble y se precipita fácilmente.  Después de intentar de varias maneras, se logró solubilizar la proteína al añadirle detergente (Sarcosyl y Triton X-100) mientras esta se pasaba por la columna de níquel (recuerda que mi proteína tiene un tag de GST).  Al analizar las geles de nuestras fracciones recolectadas después de la purificación, se vio que la proteína se estaba quedando pegada en las paredes de cristal de la columna cromatográfica y en la matriz de la columna.  Esto se resolvió usando una columna de plástico y añadiéndole detergente a los buffers de elución para despegar la proteína de la matriz. Además, se regeneró la matriz de glutationa (es la matriz usada para las proteínas con GST tag) para aumentar el binding affinity. Próximamente, estaremos purificando este dominio desde el principio para estrenar oficialmente nuestro protocolo nuevo.

En otra nota, quisiera felicitar a todos los que presentaron sus proyectos en la conferencia de ABRCMS.  He tenido el privilegio de asistir a esta conferencia en otros años, y siempre ha sido una gran experiencia de enriquecimiento profesional.  Es una oportunidad para presentar tu trabajo y conocer otros estudiantes de otras universidades y en qué están trabajando ellos.

En estas ultimas semanas terminamos de trabajar con la columna GST.  Nuestros resultados no fueron los esperados –ni por nosotros ni nuestra PI- y después del receso académico nos estaremos reuniendo para tomar decisiones sobre el próximo paso a tomar.  Aunque los resultados no hayan sido los mejores, es importante este proyecto ya que de salir bien, ayudaría a mejorar el protocolo general de purificación de proteínas marcadas con GST en nuestro laboratorio.  Queremos mejorar el protocolo para obtener un yield de proteína mas alto que el que tenemos ahora mismo.  Esto a su vez, hace 2 cosas: mas muestra para correr mas experimentos y trae economía al laboratorio.

Además, estoy empezando un proyecto paralelo, en donde hago IR (infrarrojo) a una muestra de proteína de hCen2 (WT).  Queremos ver cómo hCen2 (WT) cambia su estructura terciaria al ir cambiando (aumentando)la  temperatura.  Después que termine los espectros y la curva de calibración, pasaré a analizar la data con el programa Kinetics.  Estoy muy emocionada ya que nunca he hecho un trabajo de este tipo ni he usado este programa antes.

Yo diría que mi progreso para el proyecto de GST es 4 ya que no hemos concluido ese proyecto.  Sin embargo, estoy empezando un proyecto nuevo y espero que pueda analizar la data tan pronto regresemos del receso académico.

Durante este semestre aprendí a correr una columna de cromatografía que nunca había usado. La columna es de GST y es para purificar proteínas o complejos de proteínas que tienen un “tag” de GST.  La proteína con ese “tag” interracciona y se queda pegada a la matriz de la columna. Después se eluye con un buffer especial  y se colecciona en diferentes tubos. Me gustó mucho hacer esta columna porque es bien pequeña y es bien fácil y rápido de correr, en comparación con las columnas que yo usualmente corro.

En términos de mi progreso con los objetivos establecidos durante este semestre yo daría un 2.  Los planes y objetivos todavía están en pie pero van a pasos lentos.  Espero que durante el mes que viene podamos avanzar más para cumplir los objetivos.  Aun así, me he mantenido ocupada en el lab y hasta he tenido la oportunidad de enseñarles a mis compañeros de lab las técnicas de purificación que yo uso.

Pueden ver mi poster sobre mi proyecto en verano. Espero que les guste!!!!

My Poster

Estaré trabajando nuevamente con mi mentora Belinda Pastrana, PhD en el Departamento de Química en el RUM. Continuaré purificando las proteínas con las que trabajamos (hCen, cCen, etc.) y tendré la tarea de enseñarle a una compañera de lab las técnicas de cromatografía y purificación que he aprendido por este último año. También, estaré trabajando en el Infrarrojo (IR) haciendo curvas de calibración una vez las proteínas estén purificadas. Además, nuestra PI está haciendo lo posible para unir esfuerzos con la planta piloto para expresar mas proteínas y a la vez, enseñar a estudiantes del Colegio sobre cómo correr un fermentador. Estoy muy emocionada por los proyectos de este semestre, sobre todo, por la parte de enseñar y ayudar otros pares a adquirir y perfeccionar sus técnicas de purificación de proteínas.

Durante este verano estuve haciendo investigación en el Departamento de Biología Celular y de Desarrollo en Weill Cornell Medical College bajo la mentoría de Geri E. Kreitzer, PhD. ¿¡Qué puedo decir excepto que esta experiencia fue excelente!? Mi PI me llevó a través del mundo de las kinesinas, las cuales son proteínas motoras que transportan diferentes cargos a través de la célula. Aprendí técnicas y procedimiento que sólo he visto en libros: Western blot, immunostaining, producir ADN, microinyectar ADN en células, incubar células mamarias, microscopio de fluorescencia, solo por mencionar algunas. El proceso fue retador pero muy satisfactorio.

Uno de los retos de este verano fue el presentar en público. Es una de las cosas en que mas necesito ayuda debido a los nervios que me dan cuando hago cualquier presentación en frente de una audiencia. Tuve la oportunidad de ir a la conferencia de Leadership Alliance en Hartford, CT y presentar mi proyecto de investigación. Puedo decir que aunque todavía no soy una experta he visto la mejoría y lo mejor fue que había gente para ayudarte, darte crítica constructiva y apoyarte a través del proceso.

En otra nota, esta oportunidad me permitió el conocer colegas de otras universidades y países, estudiantes graduados y post doctorales. Me permitió conocer y ser parte de la bella ciudad de New York.

Este semestre en mi laboratorio ha sido muy interesante y productivo. Particularmente me gustó porque pude practicar y perfeccionar técnicas y métodos que aprendí el semestre pasado en el área de purificación de proteínas. Me siento con mucha más libertad y confianza en mi trabajo y en el laboratorio. La práctica sí lleva a la perfección y esa es una de mis metas futuras. También, estoy muy complacida con el trabajo que hice, sobre todo con mi libreta de laboratorio. ¡Está bella!

Una de las barreras que he tenido este semestre ha sido la poca disponibilidad de ciertos reactivos o materiales en el laboratorio ya que hemos estado en periodo de vacas flacas. Aun así, es increíble la imaginación del ser humano ya que los técnicos del laboratorio o la profesora siempre se inventan algo para resolver la situación.

El próximo semestre continúo trabajando con la Dra. Pastrana y con mis proteínas: hcen1, hcen2 (las mutantes y wild types). También, espero que en laboratorio nos podamos organizar mejor para continuar nuestras discusiones de revistas científicas. Este semestre, debido a las demandas académicas de nuestra PI se hizo muy difícil llevar a cabo las reuniones. También, me gustaría empezar a escribir más papeles estilo revistas científicas o journals.